Il salto d’acqua del canale che permetteva il funzionamento del Canapificio forniva energia anche a un mulino, noto nelle cronache col nome di “Mulino della Canonica”, di cui si hanno notizie fin dagli anni attorno al 1000. Più volte ingrandito e ricostruito, il Mulino macinava in origine semi oleosi, poi si modificò in mulino da grano. Nel 1830 il miglioramento della tecnologia permise il passaggio dalla macina ai cilindri azionati dall’elettricità prodotta da una propria centrale. La cabina di produzione dell’energia elettrica, popolarmente detta “lo sviluppo”, era collocata di fronte al Mulino ed era in grado di produrre fino a 15000 volt, sufficienti a soddisfare il fabbisogno energetico del Mulino, del canapificio e dell’intero borgo della Croce.

La storia del Mulino della Canonica si separa da quella dell’opificio per la filatura nel 1906, quando questo venne acquistato dal Linificio e Canapificio Nazionale, mentre il Mulino rimase di proprietà dei notabili bolognesi che nel 1851 costruirono la Filanda. Il Mulino funzionò fino agli ultimi decenni del 1900 e venne definitivamente abbattuto nel 1997.